İslamofobi kavramı ile ilgili yoğun tartışmalar, farklı teorik zeminlerden hareket eden tanımlar bulunmaktadır. Bu tartışmalar çerçevesinde İslamofobi kavramını temelden reddeden üç itirazın dillendirildiği görülmektedir. 

Birinci gurup, İslamofobi kavramının diğer psikoloji temelli irrasyonel fobi türlerinde olduğu gibi basit bir korku ve ön yargıyı ifade ettiği, bundan dolayı da Müslümanların bugün karşılaştığı sistemli ve kasıtlı ayrımcılık ve ön yargıyı ifade edemediğine işaret etmekte ve bundan dolayı İslam düşmanlığı ya da İslam karşıtlığı gibi alternatif kavramlar önermektedir.

Bu eleştiriye karşı çıkanlar ise sosyal bilimlerde farklı ırkçılık türlerini tanımlamak için Sinofobi, Rusofobi, Türkofobi, xenofobi, gibi fobi sonekli birçok kavramın olduğuna ve antisemitizm kavramında olduğu gibi kelimelerin etimolojik kökeni ile ihata ettiği anlam arasında farklılıklar bulunduğuna da işaret etmektedirler. 

Bu çevrelere göre İslamofobi kavramının kendisinden ziyade sadece ön yargı ya da irrasyonel korkulara dayalı tanımı eleştiri konusu kılınmalı ve İslamofobi bir kültürel ırkçılık türü olarak tanımlanmalıdır. Bu şekilde tanımlanmış İslamofobi kavramının Müslümanların bugün maruz kaldığı kurumsal ve yapısal ırkçılık, ayrımcılık ve nefret suçlarını ifade etmek için kullanılabileceğine işaret etmektedirler. 

Çoğunluğunu Müslümanların oluşturduğu ikinci bir grup ise İslamofobi kavramının Batı’da ortaya çıkmasından hareketle komplocu bir yaklaşımla Müslümanların karşılaştığı bu düşmanlık ve ırkçılığı meşrulaştırmak ve masum göstermek için Batılılar tarafından kasıtlı bir şekilde üretildiğini iddia etmektedir. Bu gruba göre İslamiyeti negatif bir kelime olan korku ile bir araya getiren bu kavram reddedilmeli ve yerine İslam düşmanlığı, İslam karşıtlığı gibi alternatif kavramlar kullanılmalıdır.

Bu eleştiriye karşı çıkanlar ise korku ile İslamiyet’in yan yana getirilmesine itiraz edip düşmanlık ya da karşıtlık ile İslamiyeti bir araya getirmenin rasyonalitesini sorgulamaktadır. Bunun da ötesinde bir kavram değişikliğinin pratikteki faydasını sorgulamaktadırlar. Zira İslamofobi kavramı son 30 yılda yapılan akademik çalışmalar, sempozyumlar ve BM’nin 15 Mart’ı İslamofobi ile Mücadele Günü ilan etmesi ile artık marka bir suç hâline gelmiştir. Bunun da ötesinde İslamofobi kavramı Müslüman karşıtı ırkçılığa karşı direniş ve karşı çıkışı harekete geçirme kapasitesine sahip bir aktivist kavram olarak farklı çevreler tarafından kabul görmüş durumdadır. 

İslamofobi kavramı artık ırkçılık, antisemitism ve cinsiyetçilik gibi marka bir suç hâline gelmiştir ve kavram artık kalıcıdır. Zira belirli bir ön yargının tüm biçimlerini tek bir çatı altında toplayan, ortak olarak anlaşılan bir etiket gelişene kadar, ayrımcılığa karşı hareketlerin başlamadığı gözlemlenmiştir. Cinsiyet ayrımcılığına karşı direniş, ‘cinsiyetçilik’ (sexism) terimi altında birleşmiştir. Sivil haklar hareketi, beyazların egemen olduğu bir toplumda çeşitli doğuştan gelen ön yargıları ve kurumsal engelleri kapsayan ‘ırkçılık’ (racism) kavramı etrafında ivme kazanmıştır. ‘Antisemitizm’ (antisemitism) kavramı, bir zamanlar kadınlara ve siyahilere yönelik aşağılamalar gibi insanlar tarafından büyük ölçüde sorgulanmadan kullanılan Yahudi karşıtı söylemlere itiraz etmek için güçlü bir araç sağlamıştır.

İlginç bir şekilde kavramı komplocu bir yaklaşımla eleştiren ve onun da ötesinde İslamofobi olgusunun varlığını sorgulayan üçüncü grubu ise İslamofobik çevreler oluşturmaktadır. Bu çevreler İslamofobi kavramının Müslümanlara ve İslam’a yönelik haklı eleştirileri baskılamak ve yaftalamak için İslamcılar tarafından bilinçli bir şekilde üretildiği ve yaygınlaştırıldığını iddia etmektedirler. 

Diğerleri ise İslamofobi olgusunu tanımamak veya meşrulaştırmamak amacıyla İslamofobi kavramını kullanmaktan ısrarla kaçınmaktadır. “İslamofobi” veya “Müslüman karşıtı ırkçılık” gibi terimler yerine, “Müslüman karşıtı tutumlar” veya “ön yargı” gibi daha yumuşak ifadeler kullanılarak İslamofobi'nin içinde barındırdığı sistematik ve kurumsal boyutlara sahip olan ırkçılık görmezden gelinmeye çalışılır. 

Bu eleştirilere karşı çıkanlar ise haddizatında İslam’ın ve Müslümanların eleştirilmesinin İslamofobik olmadığı, Müslümanları ırksallaştırıp ötekileştirerek düşmanlaştıran söylemlerin İslamofobi kapsamında değerlendirildiğini ifade etmektedirler. Bu görüşe göre İslamofobi haddizatında Batı’daki hegemon güçlerin Müslümanları disipline ve regüle etmek ve Müslümanları hedef alan politikaları meşrulaştırılmak için kullandıkları bir araçtan ibarettir.

İslamofobik çevrelerin bu iddiaları ister istemez Batı’daki siyasi elitleri de etkilemekte, İslamofobi kavramının kullanılması veya İslam düşmanlığı olgusunun önemsizleştirilip görmezden gelinmesine dayanak olmaktadır. 

Aralarında AB üyesi devletlerin de olduğu birçok ülke ısrarla bu sorunu inkâr etmekte;hatta bu ülkelerin liderleri İslamofobi kelimesini dahi ağızlarına almamaktadırlar. Aynı şekilde AB, AGİT ve Avrupa Konseyi gibi uluslararası kuruluşlar da Müslüman karşıtı ırkçılıkla mücadele için oluşturdukları koordinatörlüklerin isimlerinde bazı üye devletlerin muhalefetleri nedeniyle İslamofobi kelimesini kullanmaktan ısrarla kaçınmaktadırlar. 

Örneğin Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Teşkilatı Müslüman karşıtı hoşgörüsüzlük ve ayrımcılıkla mücadele özel temsilcisi, Avrupa Birliği Komisyonu Müslüman karşıtı nefretle mücadele koordinatörü, Avrupa Konseyi ise Antisemitizm ve Müslüman karşıtı nefret ve nefret suçları özel temsilcilikleri oluşturmuş durumdadır. 

Görüldüğü üzere İslamofobi kavramının kullanılması konusunda Batılı siyasi elitler arasında da ciddi bir direnç oluşmuş durumdadır. Nitekim 2022 yılında BM Avrupalı devletlerin de oylarıyla 15 Mart’ı Uluslararası İslamofobi ile Mücadele Günü ilan etmesine rağmen 2023 yılında sadece İspanya hükûmeti bu günü resmî olarak anmıştır.