Adli otopsi 5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanununda otopsinin nasıl yapılacağı hususu düzenlenmiştir. Yapılacak otopside, ölünün muayenesi Cumhuriyet savcısının huzurunda ve bir tabip görevlendirilerek yapılır. Otopsi yapılmadan önce, otopsi yapılacak kişiyi tanıyanlara, yakınlarına kimliği gösterilerek kişi teşhis edilir. Otopsi ölen kişinin neden öldüğünü tespit etmek için yapılır. Ölen kişinin neden öldüğü otopsi sonucunda anlaşılır.
Kişi ölümünün şüpheli olması halinde Cumhuriyet savcısınca yapılan otopsi öncesinde, şüpheli ölümün muayenesi işlemi yapılır. Ölünün muayene işlemi adli hekim refakatinde yapılır. Bu muayene ölenin yalnızca dış beden muayenesidir. Ölüm muayene işlemi sonucunda adli hekim ölünün, kesin ölüm sebebini belirleyemez ve bundan dolayı ölüm sebebini bildirmezse savcı, ölümün kesin sebebinin belirlenebilmesi amacıyla ölüyü adli tıp kurumuna otopsi yapılması için gönderir.
Ceza Muhakemesi Kanununun 87. maddesinde düzenlenen otopsi, Cumhuriyet savcısının huzurunda biri adlî tıp, diğeri patoloji uzmanı veya diğer dallardan birisinin mensubu veya biri pratisyen iki hekim tarafından yapılır. Müdafi veya vekil tarafından getirilen hekim de otopside hazır bulunabilir. Zorunluluk bulunduğunda otopsi işlemi bir hekim tarafından da yapılabilir; bu durum otopsi raporunda açıkça belirtilir.
Otopside cesedin durumu olanak verdiği takdirde mutlaka baş, göğüs ve karnın açılmasını gerekir. Ölümünden hemen önceki hastalığında öleni tedavi etmiş olan hekime, otopsi yapma görevi verilemez. Ancak, bu hekimin otopsi sırasında hazır bulunması ve hastalığın seyri hakkında bilgi vermesi istenebilir.
Gömülmüş bulunan bir ceset, incelenmesi veya otopsi yapılması için mezardan çıkarılabilir. Bu husustaki karar, soruşturma evresinde Cumhuriyet savcısı, kovuşturma evresinde mahkeme tarafından verilir. Mezardan çıkarma kararı, araştırmanın amacını tehlikeye düşürmeyecekse ve ulaşılması da zor değilse ölünün bir yakınına derhâl bildirilir. Yukarıda belirtilen işlemler yapılırken, cesedin görüntüleri kayda alınır.
Bazı durumlarda yeni doğan bebeğe de otopsi yapılabilir. Yeni doğanın cesedi üzerinde adlî muayene veya otopsi yapılması işleminde, bebeğin doğum sırasında veya doğumdan sonra yaşam bulgularının varlığı, olağan süresinde doğup doğmadığı, biyolojik olarak yaşamını rahim dışında sürdürebilecek kadar olgunlaşmış olup olmadığı veya yeni doğanın yaşama yeteneği bulunup bulunmadığı gibi hususlar bakımından otopsi yapılır.
Sonuç olarak otopsi, ölen kişilerin ölüm nedeninin belirlenmesi amacıyla yapılır. Özellikle işlenen suçlarda, olayın aydınlatılması ve ölümün nasıl gerçekleştiğinin saptanması amacıyla otopsi işlemleri yapılır. Bazen ölen kişinin kimliğinin saptanamadığı durumlar da karşımıza çıkabilir. Bu ve bunun gibi durumlar karşısında ölüm şekli veya nedeninden dolayı ölen kişinin cesedinin, kimliğini belirlemeye yetmeyecek durumda olması karşısında da ölen kişiye otopsi yapılarak kimliğinin belirlenmesi saplanabiliyor.
