İstanbul'un 1453 yılındaki fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet'in emriyle Khora Kilisesi'ndeki mozaikler, freskler korundu ve bu eserler sıvayla kapandı.
2. Bayezid tarafından camiye çevrilen yapıya minare eklendi. 29 Ağustos 1945 yılında Türkiye Cumhuriyeti Bakanlar Kurulu kararıyla ise Kariye Camii, Kariye Müzesi'ne çevrildi. Sıvayla kapanmış olan mozaikler ve freskler tekrar ziyaretçiler için açıldı.
Farklı dönemlerde çeşitli yapılandırma süreçlerinden geçen mekan, 21 Ağustos 2020 tarihli Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi doğrultusunda ise yeniden cami statüsüne çevrildi.
Kariye Camii'nde pazartesi gününden itibaren cemaatle namaz kılınmaya başlandı. Bugün de ilk kez cuma namazı kılındı.